Conflicto entre JDownloader y Transmission

He descubierto un nuevo problema en JDownloader. Después de haber conseguido un funcionamiento continuo y sin cortes con OpenJava, ayer empecé a usarlo simultáneamente a Transmission; cada vez que se completaba un paquete, al empezar el siguiente JDownloader se quedaba colgado y había que "matar" Java para poder recuperarlo. El cambio entre Java "oficial" o "libre" no supuso ninguna mejora, ya que se colgaba en cualquiera de ellas. He tenido que desconectar Transmission para usar de JDownloader. He intentado usar Tucan para poder hacer ambos tipos de descarga, pero el resultado ha sido muy malo, sin un solo byte bajado (no sé por que no me funciona Tucan). La solución será no usar Transmission y cambiar a otro torrent (fácil, ya que solo uso torrent esporádicamente), o quizá usar una máquina virtual para hacer cada tipo de descarga, y así no se molestarán.