Sistema de archivos NTFS: formatear en Windows

A lo largo del tiempo he tenido muchos problemas con los discos que formateo en NTFS (véase 1,2 y muchos más). Realmente el problema mayor me había aparecido en Ubuntu 11.04, debido seguramente a algún bug en parted o gparted. Sin embargo, en estas dos últimas semanas he tenido repetidos errores en el formateo a NTFS en Fedora 16. En primer lugar varios lápices que funcionan correctamente en mi equipo al formatearlos, y a los que les he copiado diferentes ficheros, al intentar leerlos de nuevo, tanto en windows como en diferentes distribuciones de Linux dan un error que exige la aplicación de chkdsk -f y desmontado dos veces para poder recuperar el contenido. Finalmente, un disco de 2TB, formateado también en gparted (0.12.0-1.fc16, parted 3.0-4.fc16, mkfs, ntfsprogs) me ha generado un problema de entrada-salida al copiar ficheros grandes en él. Decididamente, o dejamos de usar NTFS (maldita compatibilidad), que sería lo mejor y más prudente, o formateamos en un ordenador con Windows (donde estás, que no te veo). He aquí una magnifica razón para dejar de usar unidades NTFS.